生まれてすぐに母親を亡くした夏樹(主人公)は、父親の再婚をきっかけにとある島へと移り住んだ。
そこで新しく出来た腹違いの二人の妹、円(まどか)、鶫(つぐみ)と平穏な日々を過していた。
ところが、そんな平穏な日々も父親の死を境に一変した。

義母の楓(かえで)一人の力では三人の養育が難しかった為、
夏樹と鶫の二人は島外の親戚へと預けられたが、
円だけは代々続く九十九家当主の後継者として島に残された。

しかしその数年後、円は突如として行方不明となり、
島民達の間では神隠しとの噂が囁かれた。

それ以降、円の姿を目にした者は誰一人居らず、事故死とされた。
その訃報は島を離れて暮らす二人の元にも届いたが、
九十九家当主の命により島に戻ることは許されず、
葬儀に参列することは叶わなかった。

数年後───。

ある日、鶫の元に死んだはずの円から、一通の手紙が届いた。
その手紙には『島へ来るように』とだけ記されていた。

疑念を抱いた鶫は夏樹に相談し、二人は手紙の真相を確かめる為に島へと向う。

そこで二人は、自分たち一族の切なく残酷な過去と真実、そして島の秘密を知る事になる。
そして物語は衝撃の結末へと───今、動き出す。